巴氏杀菌不能杀死所有微生物是因为它采用的是较低温度（一般在60~82摄氏度）和较短时间的加热处理，这样的条件足以杀死大部分致病性细菌和绝大多数非致病性细菌，但并不能杀死所有微生物，尤其是那些耐热性较强的细菌芽孢和某些嗜热菌。

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巴氏杀菌的基本原理是利用病原体不是很耐热的特点，通过适当的温度和保温时间处理，将其数量降低到对消费者不会造成危害的水平。然而，不同细菌有不同的耐热能力和生长条件，有些细菌的芽孢能够在较高的温度下存活，而有些嗜热菌则在高温环境下依然能够生长。

此外，巴氏杀菌的目标是既要杀死有害微生物，又要尽可能保持食品的营养成分和风味不被破坏。因此，为了达到这一平衡，巴氏杀菌的温度和时间设置通常是不足以完全消灭所有微生物的。这也意味着，经过巴氏杀菌处理的食品仍然可能含有少量能够生长的微生物，因此在储存和处理的过程中需要保持冷藏，以防止这些微生物的繁殖和潜在的食品安全风险。

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